Маріо Фернандес є бразильцем по національності. У жовтні 2014 року захисник встиг дебютувати за збірну Бразилії в товариському матчі з командою Японії (4:0), але влітку 2016 року він прийняв російське громадянство, що дозволило йому виступати за збірну Росії.
Маріо Фернандес, захисник збірної Росії: На жаль, почастішали й травми. Хочеться зосередитися на іграх за клуб, який став мені рідним, і дати можливість молоді розвиватись у збірної. Тому я вирішив піти саме зараз.
Переважно на рішення впливали постійні травми. Захисник ЦСКА Маріо Фернандес оголосив, що зупиняє кар'єру.