Ротовий отвір – у центрі тіла, анальний – на протилежному боці. Найхарактерніша особливість голкошкірих – водно-судинна система. Нервова система примітивна, складається з нервових тяжів, що залягають під шкірою і дають відгалуження в промені, на верхньому і нижньому боці тіла.
Шкіра голкошкірих вкрита твердими виростами або голками. Усі тварини цієї групи живуть тільки в солоній морській воді.
Усі голкошкірі проходять п’ятипроменеву стадію розвитку, навіть якщо в підсумку знову набувають двосторонньої симетрії (морські огірки, неправильні морські їжаки). Багато морських лілій і деякі морські зірки мають велику кількість рук, зазвичай кратну п’яти.