Цвітіння рослини відбувається з травня до серпня, дозрівання плодів – з липня по вересень. Звіробій заготовляють під час цвітіння, зрізаючи чи відламуючи верхні 10-20 см стебла. При збиранні необхідно залишати кілька суцвіть на кущі для подальшого розмноження.
Як лікарська сировина використовують траву звіробою (лат. Herba Hyperici) – зібрані у фазі цвітіння пагони дикорослого або культивованого звіробою продірявленого.
Для збору сировини потрібно вибирати місця, віддалені від звалищ, автошляхів та підприємств, так як трава здатна вбирати у собі всі шкідливі речовини. Звіробій з давніх-давен вважався магічною рослиною, тому збір його проводили в день Івана Купали, 7 липня, який був приурочений до літнього сонцестояння.