Загалом прогноз залежить як від стадії процесу, за якої розпочато лікування, так і від гістологічної будови пухлини. Смерть від раку щитоподібної залози настає рідко. Лише за анапластичної форми раку та саркоми щитоподібної залози прогноз несприятливий.
Щитоподібна залоза в організмі виробляє гормони, що впливають на обмінні процеси. Тому порушення в роботі щитоподібної залози відразу ж позначаються на функціонуванні серцево-судинної, нервової та репродуктивної систем.
Якщо не лікувати аутоімунний тиреоїдит, то може настати стан хронічного гіпотиреозу: постійної нестачі гормонів щитоподібної залози, що призведе до необхідності прийому гормональної терапії до кінця життя. Можливе утворення токсичного зоба або розвиток злоякісної лімфоми щитоподібної залози.
Він не реагує на лікування йодом, тому видалення всіх ракових клітин може бути ускладнене. Виживаність медулярної карциноми щитоподібної залози залежить від стадії раку, коли він був діагностований. Якщо діагноз поставлено на ранній стадії, 97% людей живуть щонайменше 5 років після постановки діагнозу.