Вони походять від стародавніх джгутикових близько 1,5 млрд років тому. Інфузорії – більш високоорганізовані тварини – з’явилися пізніше. Існування джгутикових, що мають хлоропласти, свідчить про спорідненість і спільність походження найпростіших і одноклітинних водоростей від найдавніших джгутикових.
Одноклітинні організми були відкриті Антоні ван Левенгуком у 1673 році.
Царство Тварини поділяється на два підцарства: Одноклітинні та Багатоклітинні. Одноклітинні тварини складаються з однієї клітини. Тому інша їхня назва – Найпростіші . Оскільки клітина дуже мала, найпростіших складно побачити неозброєним оком, але їх дуже багато.
На межі раннього і середнього рифею (близько 1,35 млрд. років тому) з’являються перші мікроорганізми, що мають ядро – еукаріоти. У доломітах Біг-Спрінг (Каліфорнія) виявлено одноклітинні еукаріотні зелені водорості віком 1,3 млрд. років.