У 1995-2003 роках був співвласником і главою нафтової компанії “ЮКОС”. Заарештований російською владою за звинуваченням у розкраданнях і несплаті податків 25 жовтня 2003 року. На момент арешту був одним із найбагатших людей у світі, його статки оцінювали в 15 млрд доларів.
Згідно з вироком Міщанського районного суду, Ходорковський і Лебедєв організували вчинення злісного невиконання службовцем комерційної організації рішення суду, яке набрало законної сили, а Крайнов скоїв злісне невиконання службовцем комерційної організації рішення суду, яке набрало законної сили.
Убивство мера Нафтоюганська Володимира Пєтухова 26 червня 1998 року дорогою на роботу з пістолета-кулемета було розстріляно мера Нафтоюганська В.А. Пєтухова. Вбивство було скоєно в день народження Михайла Ходорковського.
У 2010-2011 роках за новими звинуваченнями був засуджений до 14 років колонії; з урахуванням подальших оскаржень загальний термін, призначений судом, склав 10 років і 10 місяців, фактично відбутий термін – 10 років і 2 місяці, оскільки в грудні 2013 року Ходорковського помилував президент Путін.