Занепад лоботомії почався 1950-ті роки після того, як стали очевидними серйозні неврологічні ускладнення цієї операції. Надалі проведення лоботомії було заборонено законодавчо у багатьох країнах. У СРСР лоботомія була офіційно заборонена у 1950 році.
Тому найбільш ефективним методом проведення лоботомії є закритим, без трепанації черепа. Цей метод напрочуд простий і проведення операції не потребує спеціальних медичних знань. Величезним плюсом цього є те, що, у разі потреби, пацієнт може провести операцію сам собі.
У 1950-х роках ретельніші дослідження виявили, що, крім летального результату, який спостерігався у 1,5–6 % оперованих, лоботомія може викликати напади, велике збільшення у вазі, втрату координації, частковий параліч, нетримання сечі та інші проблеми.