У період правління Османа по краях будівлі були встановлені мінарети. Протягом майже 500 років Айя-Софія була однією з головних мусульманських святинь – другою після Кааби у Мецці. 1935 року засновник сучасної світської Туреччини Кемаль Ататюрк спеціальним декретом перетворив мечеть на музей.Jul 24, 2021
У 989 році через сильний землетрус обвалився купол собору, який був відновлений через п'ять років. У 1453 після захоплення Константинополя турками султан Мехмед II перетворив собор Святий Софії в мечеть. Після захоплення собору збережені в ньому численні цінності були розграбовані, а стародавні ікони знищені.
У 1453 після захоплення Константинополя османами собор був звернений до мечеті, а в 1935 році він набув статусу музею. 1985 року Софійський собор серед інших пам'яток історичного центру Стамбула було включено до складу всесвітньої спадщини ЮНЕСКО. 2020 року він знову став мечеттю.
1 квітня православні віруючі святкують пам'ять святої Софії Слуцькій Свята Софія, чию пам'ять Православна церква вшановує 1 квітня, прославилася своїм твердим віросповіданням.